Ciało i umysł.

Młodzi adepci ninja panowali niemal całkowicie nad swoim ciałem. Potrafili np. wyłamywać sobie stawy, dzięki czemu mogli się później łatwo uwolnić z więzów lub przecisnąć przez niewielkie otwory. Klasycznym ćwiczeniem zwiększającym wytrzymałość był szybki bieg ba bardzo długim dystansie. Aby sprawdzić, czy adept biegnie wystarczająco szybko, na jego piersi umieszczano słomianą matę, którą musiał trzymać tylko opór rozcinanego przez biegacza powietrza. Stopniowo zwiększano dystans biegu i niektórzy ninja podobno potrafili przebiec bez odpoczynku nawet 80 km. Innym ćwiczeniem na wytrzymałość było wielogodzinne zwisanie z gałęzi drzewa. Ćwiczenia to rozwijało siłę i wytrzymałość mięśni rąk, a ponadto pozwalało pokonać barierę bólu. Ninja doskonalili również poruszanie się w ciemnościach i sztukę kamuflażu. Specjalne kroki pozwalały przemieszczać się niema bezszelestnie. Opanowanie tych umiejętności pozwalało ninja wyłaniać się i znikać w ciemnościach jak duchy, w całkowitej ciszy. Kolejne etapy wtajemniczenia w arkana sztuki ninja obejmowały takie elementy jak włamywanie się, wspinanie po pionowych ścianach, sporządzanie i czytanie map oraz określanie pozycji w terenie. Adept ninja musiał perfekcyjnie opanować wszystkie te umiejętności, być nadludzko silny i wytrzymały oraz niezwykle odporny psychicznie. Musiał tez nauczyć się opatrywać rany i leczyć wszelkie dolegliwości. Ninja nie zawsze jednak mogli liczyć na osłonę ciemności. Często, aby stać się "niewidzialnymi", korzystali z przebrania dostosowanego do grupy lub regionu, w których ninja miał zadanie do wykonania. Ze względu na bardzo wyraźne w owych czasach różnice społeczne, ninja musieli uczyć się zwyczajów i języków obowiązujących w różnych miejscach i posiąść szereg innych umiejętności, specyficznych dla danych grup społecznych. Ninja musiał więc być dobrym aktorem. Równie łatwo musiał umieć zamienić się w żebraka, chłopa, jak w mnicha lub bogacza.