Większość rodzin pochodziła z gór na południu Honsiu - największej wyspy Japonii. Było ich 70, największym poważaniem cieszyły się rody Iga-ryu i Koga-ryu. Niektóre rody specjalizowały się w konkretnych technikach walki. Na przykład Koto-ryu skoncentrowali się na opracowaniu "twardych" technik, łamiących kości, które później przekształciły się w karate i łagodniejszą sztukę samoobrony - jujitsu. Inne rodziny specjalizowały się w posługiwaniu różnymi rodzajami broni, na przykład w miotaniu stalowymi gwiazdkami zwanymi shuriken, a jeszcze inne opracowywały coraz doskonalsze techniki wywiadowcze i zakłady własne, rozległe siatki szpiegowskie. Wkrótce ninja zaczęli cieszyć się reputacją niezwyciężonych wojowników, a ich niezwykłe umiejętności zadawania śmierci w połączeniu z opanowaną do perfekcji sztuką kamuflażu sprawiały, że wielu ludzi uważało iż obdarzeni są oni nadprzyrodzonymi mocami. Opowiadano historie o ninja wstających z grobów, chodzących po wodzie i zamieniających się w zwierzęta. Zamaskowani, pojawiający się znikąd, ubrani na czarno wojownicy budzili wśród swoich ofiar wielki strach. Nic więc dziwnego, że posądzano ich o zdolności magiczne. Niezwykłe metody stosowane przez ninja były jednak jedynie elementem taktyki, dającej im psychologiczną przewagę nad przeciwnikiem. Ninja długo obserwowali swoje potencjalne ofiary, dzięki czemu mogli później dokładnie przewidzieć każde jej posunięcie i uderzać tam, gdzie nikt nie spodziewał się ataku. Aby osiągnąć taki poziom wyszkolenia, przyszli mistrzowie śmiertelnej sztuki walki zaczynali ćwiczenia już w wieku chłopięcym. Adepci musieli nauczyć się władać mieczem, łukiem, kijem bo, shurikenem i innymi rodzajami broni będącej wówczas w użyciu. Ćwiczono też sztukę walki wręcz. Elementami szkolenia były pływanie, nurkowanie, wspinaczka, a także ćwiczenia, które miały nauczyć przyszłych ninja, jak przetrwać dłuższy czas bez jedzenia i wody.